یکی از خطرات و بیماری های ازدواج فامیلی که درمان هم ندارد، دیستروفی عضلات می باشد. این بیماری در جنس مذکر شایع تر است و بروز این بیماری در ازدواج های فامیلی به مراتب بیشتر است. کاهش قدرت و حجم عضلانی عارضه این بیماریست و متاسفانه این بیماری سیر پیشرونده دارد و به مرور تشدید می یابد و درمانی برای آن وجود ندارد.
ازدواج فامیلی و معلولیت های محتملی که ممکن است به همراه داشته باشد ممکن است هزینه های روحی و مالی سنگینی روی دوش خانواده بگذارد و با توجه به اینکه درمان بیماری های ژنتیکی بسیار محدود می باشند و درمان مناسبی برای خیلی از بیماری های ژنتیکی وجود ندارد. بهترین کاری که می توان انجام داد پیشگیری است. خوشبختانه با پیشرفت علم پزشکی و بهره گیری از آزمایشات ژنتیک می توان بروز چنین بیماری هایی را تشخیص داد و از اتفاق افتادن آنها جلوگیری کرد.
بیماری های مقاربتی یکی از انواع بیماری هایی است که در آزمایشات مشاوره قبل از ازدواج بررسی می شود. بیماری هایی که ممکن است افراد ناقل آن باشند و هیچ علامتی از خود نداشته باشند. علاوه بر این، آزمایشات مربوط به بیماری های سفلیس، ایدز، و هپاتیت نیز گرفته می شود.
یکی از مهم ترین بیماری های ازدواج فامیلی که در آزمایشات ژنتیک انجام می شود، تالاسمی است. این بیماری به شدت خطرناک است و در صورت وجود احتمال بالای درگیری فرزند، زوجین شدیدا از ازدواج با یکدیگر منع می شوند.
همانطور که ذکر شد بیماری های ناشی از ازدواج فامیلی متعددند و یکی از عوامل تهدید کننده ازدواج موفق بین زوجین، وجود بیماری های صعب العلاج در فرزندان است. در نتیجه می توان گفت که برای جلوگیری از ازدواج فامیلی و معلولیت های ذهنی و جسمانی ناشی از آن بهتر است از این نوع ازدواج و یا حداقل از پرخطرترین نوع ازدواج فامیلی که ازدواج دخترخاله پسرخاله است پرهیز کرد.